Фамилия Мухараева — женская форма, а её мужской вариант — Мухараев. При первом взгляде на неё возникает соблазн связать основу с тюркским словом «мухар» — так в ряде тюркских языков называют печать, штамп или клеймо. Однако в русской фамильной модели этот корень встречается редко, и объяснение лежит скорее в ареале бытования фамилии.

Мухараевы — фамилия преимущественно бурятского происхождения. В Бурятии и соседних регионах она не редкость, и её основа восходит к бурятскому мужскому имени Мухарай. В бурятской антропонимике имена часто образовывались от прилагательных: «мухар» значит «короткий», «низкий», «куцый». Имя Мухарай могли дать ребёнку как оберег — считалось, что «некрасивое» имя отводит злых духов и болезни. Со временем имя превратилось в фамилию по типичной для региона модели: к основе добавили русский патронимический суффикс -ев (поскольку основа заканчивается на -й, который выпал, получилось Мухара-ев). Форма Мухараева — это уже фамилия замужней женщины или дочери.

Интересно, что в русской среде фамилия могла возникнуть и самостоятельно, но по другой логике. В северных говорах (архангельских, вологодских) словом «мухарь» называли мошку, гнуса, а иногда — невысокого суетливого человека. Прозвище Мухарь давали либо маленькому и юркому, либо тому, кто досаждал, как насекомое. От него и пошла бы фамилия Мухарев, а с чередованием — Мухараев. Но эта версия уступает бурятской по географической распространённости: подавляющее число носителей фамилии Мухараева сегодня живёт в Бурятии, Забайкалье и Иркутской области. Там же фиксируются и родственные фамилии — Мухаранов, Мухаров, Мухарин.

Таким образом, если вы встретили Мухараеву в Сибири, скорее всего, её предок носил бурятское имя Мухарай, означавшее «коротышка» или «низкорослый», и был скотоводом или охотником в степях Забайкалья.