Фамилия Мухаринова — редкий случай, когда основа слова почти не поддаётся однозначной этимологии, но сама модель образования даёт чёткую подсказку: перед нами женская форма от мужской фамилии Мухаринов, то есть «жена или дочь Мухаринова». Мужской вариант, в свою очередь, образован с помощью патронимического суффикса -ов от прозвища или имени Мухарин. А вот с корнем начинаются сложности.

Самая вероятная версия связывает Мухарина с тюркским словом «мухар» (или «мухаррир») — «редактор», «переписчик», «писец». В кочевых и оседлых культурах Средней Азии, Поволжья и Кавказа такое прозвище мог получить грамотный человек, работающий с документами или книгами. Суффикс -ин в русском языке часто присоединялся к основам на -а, -я, поэтому от прозвища Мухара (или Мухарь) закономерно возникла фамилия Мухарин, а затем — Мухаринов. Слабая сторона этой гипотезы — отсутствие широкой фиксации слова «мухар» в значении «писарь» в доступных источниках.

Вторая версия, менее правдоподобная, выводит корень из арабского «мухаррам» — название первого месяца исламского календаря. Теоретически прозвище Мухаррам могли дать ребёнку, родившемуся в этот месяц, но фонетический переход «мухаррам» → «мухарин» кажется натяжкой и не подтверждается типичными для русских фамилий переходами.

Географически фамилия Мухаринова встречается в основном среди татар, башкир и других тюркоязычных народов, а также в смешанных регионах Поволжья и Урала. Это косвенно поддерживает тюркскую версию происхождения. В дореволюционных переписях фамилия почти не фиксируется — скорее всего, она возникла в советское время при паспортизации, когда нестандартные прозвища и отчества записывались в стандартные патронимические формы.

Что касается сословной принадлежности: носители фамилии не принадлежали к дворянству или купечеству. Скорее всего, предки были крестьянами, мещанами или служилыми людьми, получившими прозвище за грамотность. В целом, фамилия Мухаринова — яркий пример того, как тюркское по происхождению слово обросло русским суффиксом и превратилось в фамилию, которую сегодня носят в основном женщины.