Фамилия Мухаринов образована от имени Мухар (Мухара). По одной из версий, оно восходит к монгольскому слову «мухар» - «благочестие». Согласно другой гипотезе, это имя связано с карачаево-балкарским словом «мухар» - «обжора». В таком случае можно предположить, что это имя изначально представляло собой прозвище, которое мог получить человек, любивший плотно покушать. Позднее на базе прозвища возникло имя Мухар с тем же значением, но не связанное с привычками человека. Сама по себе фамилия Мухаринов является отчеством второго порядка: Мухаринов — сын Мухарина, внук Мухара.