Фамилия Мухарова — женская форма фамилии Мухаров, и её происхождение не так очевидно, как может показаться на первый взгляд. Вопреки интуиции, основа здесь не обязательно связана с насекомым «мухой». Куда вероятнее, что корень восходит к тюркскому слову «мухар» (или «мухур») — так в ряде тюркских языков называли печать, штамп или клеймо. В диалектах встречается и значение «знак», «отметина». Если это так, то прозвище Мухар мог получить человек, связанный с делопроизводством, либо тот, кто ставил клейма на товары или скот.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий по отчеству: Мухаров — сын Мухара. Однако есть и другая, более прозаичная версия. В русских говорах, особенно на юге и в Поволжье, «мухарой» называли мошкару, гнус, а также суетливого, надоедливого человека. В этом случае фамилия могла закрепиться за тем, кого дразнили за излишнюю подвижность или назойливость. Оба объяснения имеют право на жизнь, но тюркский след выглядит весомее: фамилия встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием — в Оренбуржье, Татарстане, Башкирии, а также среди казанских и сибирских татар.

Редкий нюанс, который отличает Мухарову от десятка похожих фамилий, — возможная связь с исламской культурой. В некоторых тюркских языках «мухар» — это искажённое арабское «мухаррам» (название первого месяца мусульманского календаря). Такое прозвище могли дать ребёнку, родившемуся в этот месяц. Таким образом, фамилия Мухарова может нести в себе не профессиональный, не характерологический, а календарный след — память о времени рождения предка.