Фамилия Мухинская образована от прозвища Мухинский, восходящего к топониму Мухино. Так называется ряд населенных пунктов, расположенных в Амурской, Кировской, Курской, Смоленской, Ульяновской, Пермской, Тверской и других областях России. Вероятно, название Мухино берет начало от существительного «муха», то есть «двукрыло насекомое с хоботком». Вероятно, именование Мухинский указывает на место, родом из которого был его обладатель. Так могли назвать выходца из Мухино. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Мухинский, со временем получил фамилию Мухинская.