Фамилия Мухинская — редкий случай, когда женская форма фамилии оказывается информативнее мужской. Она прямо указывает на топонимическую основу: перед нами типичная «географическая» фамилия, которую получил человек, переехавший из места с названием Мухино. Таких деревень и сёл в России десятки — от Амурской области до Смоленщины, так что точную «малую родину» предка без генеалогического исследования не установить.

Сама модель образования проста и прозрачна. От названия села Мухино образовали прозвище Мухинский — так в старину называли выходца из этой местности. Суффикс -ск- здесь работает как указатель принадлежности к месту, а не к отцу, в отличие от более распространённых -ов/-ев или -ин. Фамилия Мухинская, соответственно, — это притяжательная форма от прозвища Мухинский, закрепившаяся за женой или дочерью носителя прозвища.

Корень же, на первый взгляд, обманчиво прост. Соблазнительно связать его с назойливым насекомым, но ономасты относятся к такой версии осторожно. В русских говорах слово «муха» имело и переносные значения: так могли прозвать бойкого, юркого человека или, наоборот, надоедливого просителя. Однако для топонима Мухино чаще предполагают иное происхождение — от древнерусского личного имени Муха, которое давали человеку по той же логике, что и прозвища Комар, Жук или Пчела. В старинных документах XV–XVII веков такие имена встречаются регулярно, и деревня Мухино вполне могла получить название по имени своего первого владельца или основателя.

Получается развилка: либо предок носителя фамилии был родом из села, названного по прозвищу Муха, либо его самого так прозвали за характер. Первая версия правдоподобнее — суффикс -ский в прозвище Мухинский почти всегда указывает на связь с конкретной местностью, а не с личными качествами. Выходец из Мухино, перебравшись в другой уезд, получал прозвище Мухинский, а его потомки со временем закрепили его как фамилию. Женская форма Мухинская в таком случае сохранила память о том, что когда-то эту фамилию носили женщины — жёны и дочери тех самых переселенцев.