Фамилия Муховская — это пример того, как одна буква в корне может запутать след. На первый взгляд кажется, что здесь муха: насекомое, назойливое, но привычное. Однако в большинстве случаев основа здесь совсем другая — не насекомое, а человек по имени Муха.

Муха — это не прозвище за назойливость, а старая, ещё дохристианская форма славянского имени. В древнерусской традиции имена, образованные от названий животных, насекомых или птиц, были обычным делом: Волк, Заяц, Комар, Муха. Такое имя давали ребёнку как оберег — считалось, что назвав сына Мухой, родители «обманывают» злые силы, делая его незаметным и неважным для них. Имя Муха фиксируется в исторических документах: например, в новгородских берестяных грамотах XII века встречается человек с таким именем. От этого имени и пошли фамилии Мухин, Мухов, Муховский, а также женская форма — Муховская.

Суффикс -ск- в фамилии Муховская указывает на её происхождение от географического названия или на принадлежность к роду шляхетского, дворянского типа. В польской и западнорусской традиции фамилии на -ский/-цкий носили сначала землевладельцы, а затем распространились и среди других сословий. Это значит, что предок Муховской мог владеть землёй или хутором, который назывался Мухово, Муховка или Муха. Такие топонимы есть в Беларуси, на Украине и в западных областях России: например, деревня Мухово в Витебской области или Муховка в Черниговской. Выходец из такого места получал прозвание «Муховский» — то есть «тот, кто из Мухова».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с мухой в прямом, пренебрежительном смысле. Если фамилия возникла в среде, где суффикс -ск- был уже не сословным, а просто словообразовательным, то прозвище Муха могли дать человеку суетливому, мелкому или назойливому. Но для фамилий на -ский такой бытовой корень нетипичен: они чаще образовывались от названий мест или имён, а не от прозвищ с отрицательным оттенком. Поэтому версия с именем-оберегом или с названием села выглядит убедительнее.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Мухо́вская, хотя в некоторых говорах встречается Му́ховская. Вариант написания через «а» — Маховская — возможен, но это уже другая фамилия, с другим корнем (от Мах, Маха, или от польского machać — «махать»). Для Муховской корень один — Мух, и он ведёт либо к древнему имени, либо к деревне, где когда-то жил человек, которого звали Мухой.