Фамилия Мухинский образована от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Мухино. Так называется ряд населенных пунктов, расположенных в Амурской, Кировской, Курской, Смоленской, Ульяновской, Пермской, Тверской и других областях России. Вероятно, название Мухино берет начало от существительного «муха», то есть «двукрыло насекомое с хоботком». Так могли назвать выходца из Мухино.