Фамилия Мухова — женская форма фамилии Мухов, которая образована от прозвища или нецерковного имени Муха. В русской традиции такие «насекомые» прозвища были распространены и не несли оскорбительного смысла: Мухой могли назвать человека назойливого, суетливого, мелкого, а иногда — просто невысокого ростом или быстрого в движениях. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Мухов — сын Мухи, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «муха» в значении «смысл, значение» (арабское «ма‘на»), но для русского ономастикона это экзотическая гипотеза. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Мухов отнесена к группе фамилий от прозвищ по названиям насекомых — вместе с Жуковым, Комаровым, Осиным.

С географической точки зрения фамилия Мухова не привязана к какой-то одной области: она встречается и в центральных регионах России, и в Поволжье, и на Урале. Это говорит о том, что прозвище Муха было общеупотребительным и давалось независимо в разных местах.

Интересная деталь: в старых писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Муха. Например, в актах по Новгороду упоминается Муха Семёнов, крестьянин, 1495 год. Так что корни фамилии уходят вглубь, и предки современных Муховых могли быть как простыми крестьянами, так и ремесленниками — прозвище не указывало на сословную принадлежность.