Фамилия Мухордина — женская форма от мужской фамилии Мухордин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или именем, которое носил предок. Главная версия отсылает к слову «мухортый», которое в русских говорах означало масть лошади — рыжевато-гнедую с жёлтым отливом. В переносном смысле так могли назвать человека невзрачного, щуплого или болезненного вида: в словаре Владимира Даля «мухортный» — это хилый, заморыш. Соответственно, прозвище Мухорда (или Мухордый) давали либо по внешнему сходству с мастью, либо по характеру.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Мухордин, то есть сын или потомок Мухорды. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а, -я. Интересно, что основа «мухорд-» встречается и в других фамилиях — Мухортов, Мухортовский, — но Мухордин стоит особняком из-за более редкого суффиксального оформления. В некоторых говорах «мухорда» могло быть и прозвищем для неопрятного, взлохмаченного человека, что тоже укладывается в общую логику.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Вологодской, Костромской, Нижегородской областям. В этих местах слово «мухортый» было в ходу именно как бытовая характеристика скотины и человека. Дворянского происхождения у фамилии нет: это крестьянская или посадская фамилия, возникшая в среде простых людей, где прозвища давали метко и без затей.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «мухур» (печать, клеймо) или с именем Мухурдин (арабского корня). Но для фамилии Мухордин эта гипотеза слаба: в русской ономастике нет устойчивой традиции перехода тюркского «мухур» в «мухорд», а суффикс -ин типичен для русских, а не заимствованных фамилий. Поэтому основной остаётся «лошадиная» версия: предок нынешних Мухординых, скорее всего, либо держал мухортого коня, либо сам получил прозвище за худобу и неказистость.