Фамилия Мухтаруллин образована от мужского тюркского имени Мухтарулла. Первая из них восходит к имени Мухтар, которое в переводе с арабского означает «выбранный, избранный». Таким образом, имя Мухтарулла буквально означает «избранный слуга Аллаха». Вероятно, родители, нарекая ребёнка таким именем, как Мухтарулла, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Мухтарулла, со временем получил фамилию Мухтаруллин.