Фамилия Мульханов — редкий пример того, как в одном слове соединились религиозный сан и тюркский титул. В её основе лежит личное имя Мульхан, которое, в свою очередь, является сокращённой, более простой в произношении формой имени Муллахан. Так в старину могли звать человека, чей отец или дед носил почётное звание муллы — образованного служителя культа, учителя, наставника или проповедника.

Вторая часть имени — «хан» — не указывает на прямое родство с правителем. В тюркских языках это слово означало «хозяин», «повелитель», «господин». Поэтому составное имя Муллахан можно перевести как «господин мулла» или «почтенный мулла». Такое имя подчёркивало уважение к духовному сану, а не претензию на власть. Со временем, когда имя Мульхан закрепилось за конкретным человеком, его потомки стали писаться как Мульхановы — то есть «дети и внуки Мульхана».

Интересно, что подобная модель образования фамилий — от сокращённых форм составных имён — встречается у многих народов Поволжья, Урала и Сибири, где смешивались тюркские и славянские традиции. Суффикс «-ов» добавил фамилии русское звучание, что типично для фамилий, оформившихся в среде православных или крещёных татар, башкир и других народов, перешедших на русский язык документов.

Стоит отметить, что фамилия остаётся довольно редкой, и её носители не образуют многочисленных родовых гнёзд. Однако среди известных однофамильцев выделяется Павел Михайлович Мульханов — архитектор и строитель, работавший в Санкт-Петербурге. Ему приписывают создание около восьмидесяти зданий в городе, что говорит о том, что носители фамилии встречались в самых разных сословиях, вплоть до столичной интеллигенции.