Фамилия Муллакаева происходит от арабского слова «мулла» — так называют служителя мусульманского культа, знатока Корана и религиозных обрядов. Однако напрямую от этого слова фамилию не образовали: сначала появилось имя Муллакай, где к основе добавился уменьшительно-ласкательный аффикс -кай. Такой способ словообразования типичен для тюркских языков: с помощью этого суффикса из строгого, почтительного «мулла» получилось более мягкое, домашнее имя, которое родители могли дать сыну с пожеланием, чтобы он вырос достойным мусульманином, сведущим в вере.

Модель образования фамилии проста: к имени Муллакай добавили русский патронимический суффикс -ев, и получилось отчество, которое затем закрепилось как фамилия. Форма Муллакаева — женская, мужской вариант — Муллакаев. Такое сочетание тюркского имени и русского суффикса встречается часто: так адаптировались фамилии многих народов Поволжья и Урала.

Самый известный носитель фамилии — Кидряс Муллакаев, башкирский старшина Кара-Табынской волости Ногайской дороги Уфимской провинции. В 1767 году, когда Екатерина II путешествовала по Волге, Кидряс удостоился приёма у императрицы в Казани. Она пожаловала ему звания главного старшины и тархана — это был высокий статус, дававший право на налоговые льготы и личную неприкосновенность. Этот факт показывает, что уже в XVIII веке род Муллакаевых занимал заметное положение среди башкирского населения.

Фамилия распространена у башкир и татар, встречается также у казахов. Процесс формирования фамилий у этих народов был длительным и завершился в основном к началу XX века, поэтому точно назвать место и время возникновения конкретного рода Муллакаевых можно только по итогам генеалогического исследования. Но основа фамилии говорит о многом: предки носителя, скорее всего, были людьми религиозными, уважаемыми в своей общине, а само имя Муллакай звучало как пожелание сыну пойти по пути отца или деда — стать человеком, сведущим в исламском учении.