Фамилия Муллоджанов — одна из тех, что несут в себе не только семейную историю, но и ясный социальный и религиозный отпечаток. В её основе лежит сложное восточное имя Муллоджан, которое состоит из двух частей. Первая часть — «мулло» (от арабского «мауля» — господин, владыка, в тюркской и персидской традиции — учёный, знаток ислама, духовное лицо). Вторая — «джан» (персидское «душа», «жизнь», часто используется как ласковое обращение или компонент имени, означающий «дорогой», «любимый»). Таким образом, имя Муллоджан можно перевести как «дорогой мулла» или «любимый учёный».

Словообразовательная модель здесь типична для фамилий, возникших в среде народов Средней Азии и Кавказа, оказавшихся в составе Российской империи, а затем СССР. Русский суффикс -ов присоединился к основе Муллоджан, превратив личное имя в фамилию по отцу: «сын Муллоджана». Это указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком, которого звали Муллоджан, и скорее всего, он либо сам был муллой (религиозным служителем, учителем), либо происходил из семьи, уважаемой за учёность.

Географически фамилия Муллоджанов наиболее распространена в Таджикистане и Узбекистане, а также среди таджикской и узбекской диаспоры в России. Встречаются варианты написания, например, Муллоджонов (с буквой «о» во втором слоге, что отражает особенности произношения в некоторых диалектах). Важно не путать её с фамилией Мулладжанов — в последней первая часть «мулла» (ударение на последний слог) более прямолинейно указывает на духовный сан, тогда как «Муллоджан» — это имя с уменьшительно-ласкательным оттенком.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии (типа Кузнецов или Попов), Муллоджанов — фамилия «именная». Она не говорит о том, что предок обязательно был муллой по должности. Скорее, так звали человека, возможно, в честь деда-муллы, или же это было ласковое прозвище, данное ребёнку в религиозной семье. В любом случае, фамилия прямо отсылает к исламской культуре и традиции книжного знания, что делает её историю более личной и менее шаблонной, чем у многих других фамилий на -ов.