Фамилия Муллоджонова — яркий образец восточной модели именования, которая закрепилась в русской фамильной системе через присоединение суффикса -ов. Её основа сложена из двух персидско-таджикских компонентов: «мулло» (от арабского «мауля» — господин, наставник, учёный-богослов) и «джон» (душа, жизнь). Вместе они образуют имя Муллоджон, что можно перевести как «душа муллы» или «живущий при мулле», а в переносном смысле — «дорогой, как жизнь для учёного человека».

Такие двухкорневые имена с элементом «джон» (Джонмахмад, Джонназар, Джонмахмуд) типичны для таджикской и узбекской антропонимии. Мужское имя Муллоджон давали либо в семье потомственного религиозного деятеля, либо как пожелание мальчику вырасти благочестивым и образованным. Фамилия Муллоджонова образована по классическому русскому патронимическому принципу: к основе Муллоджон добавили суффикс -ов, получив форму «сын Муллоджона», а затем женский вариант с окончанием -а.

Географически фамилия привязана к Центральной Азии — Таджикистану и Узбекистану, откуда носители в разное время переселялись в Россию. В отличие от русских фамилий, которые часто фиксировали сословие или ремесло, Муллоджонова напрямую отсылает к социальному статусу предка: мулла — не просто грамотный человек, а духовное лицо, знаток Корана и шариата. Это говорит о том, что родоначальник фамилии принадлежал к образованной прослойке мусульманского общества.

Примечательно, что в таджикской и узбекской традиции фамилии в современном понимании появились поздно — в основном в советское время. Муллоджонова закрепилась в документах, когда имя отца стали превращать в наследственную фамилию. Поэтому её можно считать относительно молодой, но при этом сохранившей древнюю смысловую нагрузку: она связывает носителя с исламской учёностью и уважением к знанию.