Фамилия Муллоджонов — одна из тех, что ясно указывает на социальный статус и религиозную традицию предков. Её основа — составное имя Муллоджон, которое в переводе с таджикского и узбекского языков означает «душа муллы» или «дорогой, как мулла». Первая часть, «мулло» (араб. «мауля» — господин, владыка), в исламской культуре обозначает учёного богослова, учителя или духовного наставника. Вторая часть, «джон» (перс. «жизнь», «душа»), в именах Востока выступает как ласково-уважительное обращение, аналог «дорогой» или «любимый». Таким образом, имя Муллоджон давали в надежде, что ребёнок вырастет уважаемым и образованным, или же как почтительное прозвище для человека, чей отец был муллой.

Русский суффикс -ов, добавленный к восточному имени, — типичный способ адаптации фамилий народов Средней Азии в Российской империи и СССР. Он отвечает на вопрос «чей?» и превращает имя отца в фамилию для всего рода. Поэтому Муллоджонов буквально значит «потомок Муллоджона». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русском ономастиконе, но в сочетании с персидско-тюркским корнем она придаёт фамилии ярко выраженный региональный колорит.

Географически фамилия Муллоджонов встречается преимущественно в Таджикистане, Узбекистане, а также среди выходцев из этих стран в России. Варианты написания — Муллоджанов, Муллоджонзода (с персидским суффиксом -зода, означающим «рождённый от») — встречаются реже, но принцип значения сохраняется. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ или ремёсел, эта сразу говорит о духовном сословии: предки носителя фамилии, скорее всего, были связаны с исламским образованием и пользовались авторитетом в своей общине.

Стоит заметить, что в дореволюционных записях фамилия могла писаться иначе — через «а» в суффиксе (Муллоджанов) или с окончанием -ев, если имя отца звучало как Муллоджан. Однако современная форма с -ов закрепилась в советских паспортах как стандартная. Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Муллаев, Муллакаев, Муллабаев — образованы от разных вариантов того же корня «мулла», но Муллоджонов выделяется именно добавлением ласкательного компонента «джон», что делает её более личной и тёплой по смыслу.