Фамилия Муллояров — редкий случай, когда тюркский суффикс наслоился на арабско-персидскую основу, а финальное -ов сделало её «русской» по форме. Разберём по косточкам: основа здесь — «муллояр». Это сложное слово, где первая часть «мулла» (от араб. маула — господин, владыка) — титул мусульманского богослова, знатока Корана и шариата. Вторая часть «яр» — тюркское слово, означающее «друг», «товарищ», «возлюбленный». Вместе «муллояр» — это либо «друг муллы» (то есть приближённый, ученик или помощник духовного лица), либо ласкательно-уважительное прозвище самого муллы: «дорогой мулла», «мулла-друг». Такие составные имена с компонентом -яр (например, Назарёр, Халёр) характерны для узбекской, таджикской и отчасти каракалпакской антропонимии.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе «Муллояр» добавили суффикс -ов, который в тюркоязычной среде при оформлении фамилий указывал на принадлежность — буквально «сын Муллояра». Судя по географии, фамилия Муллояров встречается преимущественно в Узбекистане, Таджикистане и среди таджикской диаспоры в России. В русских переписях XIX — начала XX века она почти не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление: фамилии такого типа массово закреплялись у народов Средней Азии в 1920–1930-е годы, когда советская власть вводила обязательные паспорта и «русифицировала» местные имена и прозвища.

Интересная деталь: в отличие от фамилий вроде Муллаев или Муллакаев, где основа — просто «мулла», вариант Муллояров сохранил тюркский аффикс дружественности. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, не был муллой по сану, а числился его «человеком» — учеником медресе, помощником или мюридом. В ономастике такое прозвище («друг такого-то») нередко давали не самому уважаемому лицу, а тому, кто при нём состоял, — социальный статус предка здесь чуть ниже, чем у прямых «Муллаевых».