Фамилия Мурахас — редкий случай, когда написание сразу выдаёт нерусское происхождение. В исконно русских фамилиях почти не встречается финаль -ас: суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, -их/-ых не дают такого окончания. Поэтому логичнее всего искать корни за пределами славянского ареала.

Наиболее вероятная версия — греческая. В греческом языке существует фамилия Μουράχας (Мурахас), которая восходит к турецкому слову «murakka» или арабскому «мураккаб» — «составной», «сложный». В османский период так могли прозвать человека, занимавшегося составлением документов, сведением счетов или даже аптекаря, смешивающего лекарства. Другая, более простая версия, связывает фамилию с греческим именем Мурат (от арабского «мурад» — «желание», «цель»), которое через суффикс -ас превратилось в фамилию.

Встречается Мурахас и на Кавказе, особенно среди греков-понтийцев, которые после обмена населением между Грецией и Турцией в 1920-х годах оказались на территории СССР. Часть носителей фамилии осела в Краснодарском крае, Абхазии и Грузии. Именно оттуда фамилия могла попасть в русскоязычную среду, сохранив исходное греческое звучание.

Словообразовательная модель проста: основа Мурах- плюс греческий суффикс -ас, образующий фамилии от личных имён или прозвищ. В русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Мурахас, к Ивану Мурахас), но женский вариант обычно остаётся неизменным (Анна Мурахас). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — МурахАс, как это типично для греческих фамилий в русской передаче.

Никаких данных о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии в дореволюционной России нет. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, вероятно, простыми горожанами или крестьянами греческого происхождения, переселившимися на юг Российской империи в XIX — начале XX века.