Фамилия Мурашковский образована от мирского имени или прозвища Мурашка, и у этого корня есть как минимум две правдоподобные линии толкования. Первая и самая распространённая отсылает к нарицательному «мураш» — так в русских говорах называли муравья. До крещения Руси и долго после него наречение ребёнка именем животного, насекомого или растения было обычной традицией: считалось, что так природа примет младенца за своего и передаст ему полезные качества — трудолюбие, запасливость, умение сообща строить дом. С муравьями связан и свадебный обряд, записанный в Сараеве: накануне Юрьева дня девушка бросала горсти муравьёв из муравейника на свой дом с приговором «Муравейник на дом, а сваты в дом!» — чтобы сваты не обходили её двор.

Вторая версия выводит прозвище из польского murarz, то есть «каменщик». В этом случае Мурашкой называли мастера-строителя, и прозвище попадает в разряд профессиональных именований, которые указывали на род занятий предка. Есть и третья, более узкая гипотеза: Мурашкой могли прозвать гончара, делавшего муравленую, то есть обливную, посуду — её покрывали глазурью, и в некоторых говорах такой товар связывали с тем же корнем. Все три версии не исключают друг друга: в разных местностях прозвище могло возникать независимо и по разным поводам.

Одно из ранних упоминаний однокоренного прозвища относится к началу XVII века и зафиксировано в «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского. Сама фамилия Мурашковский построена по модели с суффиксом -ский, который в русской ономастике чаще всего указывал на географическую привязку: так называли человека из Мурашкова, Мурашкина или подобного места. В сочетании с мирским именем это даёт двойную мотивировку: предок мог носить прозвище Мурашка, а его потомки, переселившись, стали Мурашковскими — по месту, откуда они вышли. Такая модель особенно характерна для западнорусских и украинско-белорусских земель, где фамилии на -ский были распространены шире, чем в центральной России.

Прозвище Мурашка в старину не несло отрицательного оттенка — скорее, наоборот, оно подчёркивало хозяйственность и сноровку. Поэтому фамилия Мурашковский, какой бы корень ни был исходным, говорит о предке либо работящем и домовитом, либо ремесленном — строителе или гончаре. В любом случае за ней стоит живое прозвище, а не книжное имя, и это делает фамилию типичным образцом народной ономастики, где быт, природа и ремесло сплелись в одном слове.