Фамилия Мурашкин происходит от прозвища Мурашка. В народных говорах «мурашка» — это муравей, и именно это значение чаще всего лежит в основе прозвища. Такое имя могли дать человеку за суетливость, хлопотливость или мелкое телосложение, но глубинный смысл был шире. В славянской традиции муравей считался существом, наделённым особыми природными качествами: трудолюбием, плодовитостью, умением организовать жизнь. Сербы, например, клали в муравейник голову печёного рождественского животного или кости зажаренных в Юрьев день ягнят, чтобы скота расплодилось столько же, сколько муравьёв. Давая младенцу прозвище Мурашка, родители словно поручали его природе, надеясь, что к ребёнку перейдут полезные свойства избранного представителя животного мира.

Есть и другая, менее известная гипотеза, которая связывает прозвище с ремеслом. Мурашкой могли называть мастера, изготавливавшего муравленую, то есть обливную, глазурованную посуду. Такая трактовка относит фамилию к «профессиональным» именованиям, указывающим на род занятий человека. Правдоподобность этой версии ниже: слишком много в документах Мурашек, явно не связанных с гончарным делом, и всё же полностью сбрасывать её со счетов нельзя — в XVI–XVII веках прозвища по ремеслу были распространены не меньше, чем по чертам характера.

Сам суффикс -ин в фамилии Мурашкин указывает на притяжательную модель образования: так называли сына, внука или потомка человека по прозвищу Мурашка. Подобная схема типична для северорусских и поволжских фамилий, где форма на -ин встречается чаще, чем на западе и юге страны. В этом ряду Мурашкин стоит рядом с однокоренными Муравьёвым и Муравлёвым, но если те образованы от литературного «муравей» или от прилагательного «муравленый», то Мурашкин сохранил именно народную, разговорную форму слова.

Раннее документальное свидетельство о фамилии относится к началу XVII века. В труде историка С. Б. Веселовского записан Мурашкин Иван, крестьянин, 1606 год, Арзамас. Это ценное указание на географию: Арзамасский уезд в ту пору был зоной активного освоения земель, куда стекались крестьяне из разных регионов. Упоминание именно крестьянина показывает, что фамилия не была дворянской привилегией — её носили люди простого звания, и это типично для большинства русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках.

Отдельного внимания заслуживает связь фамилии с топонимами. В Поволжье существует село Большое Мурашкино, а в Нижегородской области — посёлок Мурашкино. Вопрос о том, что первично — прозвище человека или название места — остаётся открытым. Возможно, фамилия Мурашкин в некоторых случаях возникала не от личного прозвища, а от указания на выходца из этих мест. Такая двойная мотивация встречается часто, и для конкретной семьи ответ может быть разным.

В современном употреблении фамилия остаётся сравнительно редкой, но устойчивой. Её носители встречаются по всей России, с заметным сгущением в Поволжье и центральных областях, что согласуется с ранними документальными записями. Фамилия не обросла легендами о знатном происхождении и не имеет сложной истории написания — она сохранилась в той форме, в какой сложилась четыре столетия назад.