Фамилия Муратикова образована от мужского имени Муратик — уменьшительной формы широко распространённого у тюркских и кавказских народов имени Мурат. Само имя восходит к арабскому слову «мурад» и переводится как «цель, намерение, желание», а также «желанный». Чаще всего такое имя давали долгожданному, вымоленному сыну, поэтому в основе фамилии лежит пожелание ребёнку быть счастливым и оправдать надежды родителей.

Формант -ик в имени Муратик — это уменьшительно-ласкательный суффикс, который в тюркской среде мог выполнять две функции. С одной стороны, так могли называть ребёнка дома, в кругу семьи. С другой стороны, исследователи ономастики отмечают, что форма с -ик нередко закреплялась за человеком, который жил в русскоязычном окружении: русские соседи переделывали непривычное имя на свой лад, добавляя привычный для их речи уменьшительный суффикс. Поэтому Муратик — это одновременно и ласковое домашнее прозвище, и результат межэтнического контакта.

Сама фамилия построена по классической русской модели: к основе Муратик добавили притяжательный суффикс -ов, а затем фамильный суффикс -а. Изначально форма Муратиков означала «сын Муратика» или «семья Муратика». Женский вариант Муратикова — это не отдельная фамилия, а та же родовая фамилия, закреплённая за женщиной.

В русской традиции фамилии с основой на -ик и суффиксом -ов встречаются нечасто, что делает Муратиковых заметными среди других фамилий. Подобные образования фиксировал в своих работах Б. Унбегаун, отмечая, что уменьшительные формы имён часто становились основами фамилий в среде, где сталкивались разные языковые традиции.

Процесс формирования фамилий у мусульманских народов Поволжья, Урала и Кавказа растянулся на несколько столетий. В одних случаях фамилии закреплялись уже в XVII–XVIII веках, в других — лишь в XIX веке, когда начался массовый учёт населения. Поэтому точно сказать, где и когда возник род Муратиковых, можно только после глубокого генеалогического исследования: нужно изучить ревизские сказки, метрические книги и исповедные ведомости той местности, откуда происходят предки.