Фамилия Муратхузина образована от составного мужского имени Муратхузя. В её основе лежат два тюркских компонента: «Мурат» (от арабского «мурад» — «желанный», «цель», «стремление») и «Хузя» (от персидского «ходжа» — «господин», «хозяин», «наставник»). Таким образом, имя Муратхузя можно перевести как «желанный господин» или «господин, к которому стремятся». Это типичная для татарской и башкирской ономастики модель, где два значимых слова складываются в имя-пожелание, подчёркивающее уважение к ребёнку и надежду на его высокое положение.

Фамилия оформлена русским патронимическим суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а, -я. В тюркских языках окончание -а в имени Муратхузя указывает на то, что это имя, а не фамилия. При переходе в русскую фамильную систему к основе Муратхуз- добавили -ин, получив форму, отвечающую на вопрос «чей?» — «сын Муратхузи». Женская форма Муратхузина образована по тому же правилу.

Географически фамилия распространена преимущественно среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане и в татарских диаспорах других регионов России (Оренбургская, Челябинская области). Встречаемость фамилии невысокая — это редкая фамилия, что говорит о её происхождении от конкретного родоначальника, а не от массового прозвища.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий типа Муратов или Хузин, где компоненты живут отдельно, Муратхузина склеила два имени в одно. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, вероятно, был назван в честь уважаемого религиозного или общественного деятеля, носившего двусоставное имя. В татарской традиции такие имена нередко давали в честь хаджиев (совершивших паломничество) или мулл.