Фамилия Муратлыев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка известна. Её основа — тюркское мужское имя Муратлы. В отличие от более распространённого имени Мурат (от арабского «мурад» — «желанный», «цель»), форма с суффиксом -лы (-li) характерна для азербайджанской и, отчасти, туркменской антропонимии. Суффикс -лы в тюркских языках образует прилагательные со значением обладания: «имеющий Мурата» или «относящийся к Мурату». Соответственно, имя Муратлы можно перевести как «имеющий цель», «целеустремлённый» или, в более архаичном смысле, как патроним — «сын Мурата».

Русский суффикс -ев присоединился к этой основе по стандартной модели адаптации тюркских фамилий в Российской империи. Таким образом, Муратлыев — это «из рода Муратлы». Финаль -ый здесь не случайна: она указывает на притяжательное значение, типичное для фамилий на -ов/-ев, которые отвечали на вопрос «чей?». Полная форма фамилии звучит как Муратлыев, хотя в бытовом употреблении могла редуцироваться до Муратлов.

Социальный контекст происхождения фамилии, скорее всего, связан с крестьянской или казачьей средой юга России, Закавказья или Средней Азии. В XIX — начале XX века многие тюркские народы, входившие в состав империи, получали фамилии по имени отца или деда с добавлением русского патронимического суффикса. Муратлыев — не дворянская фамилия, а родовое прозвание, закреплённое за целым семейством.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить связь с топонимом Муратлы (например, село в Турции или Азербайджане), но для фамилий на -ев такая модель менее характерна: топонимические фамилии чаще образуются с суффиксом -ский. Поэтому версия с личным именем Муратлы остаётся основной и наиболее правдоподобной.

Фамилия редкая. Её носители рассеяны по постсоветскому пространству, но наибольшая концентрация, по данным открытых телефонных справочников, наблюдается в Астраханской области и Ставропольском крае — регионах с исторически смешанным тюркско-русским населением. Встречаются также единичные записи в Казахстане и Узбекистане.