Фамилия Мурэин — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа и суффикс заставляют задуматься: перед нами нестандартная модель образования. В русских фамилиях типичны суффиксы -ов (-ев), -ин, -ский. Здесь же мы видим -эин, что сразу выдаёт нерусское, скорее всего, западноевропейское происхождение.

Скорее всего, фамилия Мурэин — это русифицированная форма французской фамилии Moureau или Moreau. Во французском языке фамилия Moreau (произносится «Моро») означает «смуглый», «темнокожий» или «мавр». При переходе в русскую среду фамилию могли записать на слух, добавив русское окончание -ин, которое указывает на принадлежность («чей?» — Мурэин). Таким образом, Мурэин — это «сын (или потомок) Моро», то есть человека со смуглой кожей или тёмными волосами. Встречается также вариант написания Мурэн, но форма с -э- более точно передаёт французское произношение.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским или кавказским корнем. В некоторых тюркских языках «мур» означает «печать» или «клеймо», а «эин» могло быть искажённым окончанием. Однако эта гипотеза слабая: суффикс -эин нехарактерен для тюркских фамилий, а для русских — тем более. Поэтому версия о французском происхождении выглядит убедительнее, особенно если учесть, что в XVIII–XIX веках в Россию приезжало много французских мастеров, учителей и офицеров, чьи фамилии нередко обрусевали.

Географически фамилия Мурэин встречается крайне редко, в основном в центральной России и на юге, куда в XIX веке переселялись иностранные специалисты. Сословно предки могли быть из обрусевших дворян или разночинцев, но точных данных нет. Сама фамилия — яркий пример того, как чужое слово, пройдя через русскую грамматику, становится частью местной истории.