Фамилия Мурюкин — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она построена по стандартной русской модели: к основе «Мурюк» добавлен патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — мурюкин, то есть сын или потомок Мурюка). Сама основа — это, скорее всего, прозвище или неканоническое имя Мурюк.

Ключ к пониманию лежит в диалектной лексике. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «мур» или «мурый» означало «бурый», «темно-серый», «грязно-пепельный». Слово «мурюк» могло быть прозвищем человека со смуглой кожей, темными волосами или того, кто носил одежду неяркого, невзрачного цвета. В некоторых говорах «мурять» — пачкать, марать, так что прозвище могло относиться к неряшливому человеку.

Суффикс -юк в основе Мурюк — уменьшительный или фамильярный, характерный для прозвищ и нецерковных имен в севернорусской и, отчасти, украинской традиции (ср. Ванюк, Костюк). Это указывает, что прозвище было бытовым, неофициальным, и закрепилось за родом именно в той среде, где такие суффиксы были живыми.

Географически фамилия Мурюкин тяготеет к Поволжью и северо-востоку европейской России. Встречается в Кировской области, Удмуртии, Татарстане. Это регионы, где русское насечение издавна контактировало с финно-угорскими народами, и где сохранились архаичные говоры с лексикой вроде «мурый». Впрочем, не исключена и версия от тюркского корня: у татар и башкир есть имя Мурюк или Мюрюк, восходящее к слову со значением «печать», «знак». В этом случае фамилия могла возникнуть у крещеных татар или в смешанных семьях, но для русского слуха такое объяснение менее вероятно — прозвищная версия с цветом проще и органичнее вписывается в словообразовательный ряд.

Фамилия не знатная, не дворянская: суффикс -ин и основа-прозвище указывают на крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных метриках Мурюкины — это, как правило, государственные крестьяне или мастеровые. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для редких родовых имен, не попавших в столичные сословия.