Фамилия Мурукины образована от личного прозвища Мурука, что относит её к распространённому типу русских фамилий, возникших из обиходных имён-прозвищ. Основа прозвища — прилагательное «муругий», которое восходит к праиндоевропейской основе morog. Словарь Даля фиксирует за этим словом значение «волнистый, мрамористый, рыже-бурый с черною волною; желтоватый с темно-бурою волной, темно-пестрый, в волнистых полосах и пятнах». Проще говоря, муругим называли то, что имело тёмные пятна или полосы на более светлом фоне — такую масть животных, оперение птиц или неоднородный цвет предметов.

Скорее всего, прозвище Мурука получил человек с заметной внешней особенностью — например, с рыжими или выгоревшими на солнце прядями волос, которые выделялись на фоне остальной шевелюры и создавали впечатление пёстрости. Чередование к/ч в основе объясняется оглушением конечного согласного при произношении: от «муругий» к «мурука». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мурукин — «сын Муруки», «из рода Муруки».

Существует и другая версия, но она заметно слабее. Согласно ей, прозвище могло восходить к названию птицы мурук — самого мелкого из трёх видов казуаров, нелетающей птицы с жёстким чёрным оперением, обитающей в горных лесах Новой Гвинеи, Новой Британии и на острове Япен. Однако в эпоху формирования русских фамилий об этой птице вряд ли кто-то знал: сведения о ней появились в европейской культуре значительно позже, а уж тем более она не могла быть источником прозвища в русской деревне. Поэтому версию с птицей стоит отбросить как неправдоподобную.

Интересно, что фамилия Мурукин не единственная в этом ряду. Однокоренные фамилии — Муругов, Муруговский, Мурухин — могли возникать независимо в разных регионах от тех же прозвищ, что говорит о широкой распространённости слова «муругий» в народной речи. О точном месте и времени возникновения фамилии Мурукин говорить сложно: процесс формирования фамилий у разных сословий растянулся на несколько столетий, и крестьянские фамилии часто закреплялись лишь в XIX веке. Тем не менее, фамилия Мурукины — живой след народного языка, сохранивший в себе слово, которое сегодня почти вышло из употребления, но когда-то точно и ярко описывало внешность человека.