Фамилия Мурукин происходит от прозвища Мурука, и корень её — прилагательное «муругий», восходящее к праиндоевропейской основе morog. Смысл этого слова — «пятнистый, полосатый», когда тёмные волны или пятна идут по более светлому, часто рыжеватому фону. Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» описывает «муругий» как «волнистый, мрамористый, рыже-бурый с черною волною; желтоватый с темно-бурою волной, темно-пестрый». То есть слово это было точным и образным — им называли масть животных, но легко могли применить и к человеку.

Скорее всего, Мурукой прозвали человека с рыжими или выгоревшими на солнце волосами, в которых виднелись более тёмные пряди — этакая природная «полосатость». Прозвище звучало ласково, с уменьшительным оттенком, что типично для деревенской среды, где меткое слово закреплялось за человеком на всю жизнь. А фамилия Мурукин образовалась уже обычным путём: к основе Мурук- добавили притяжательный суффикс -ин, который в русских фамилиях отвечал на вопрос «чей?» и означал «сын Муруки», «из семьи Муруки».

Обратите внимание на чередование к/ч: в исходном прозвище звучал мягкий «ч» (Мурука), а в фамилии — твёрдый «к» (Мурук-ин). Это результат оглушения конечного согласного в произношении, когда звук на стыке морфем упрощался. Такое встречается нередко, и путать написание не стоит: исторически правильная форма — именно Мурукин.

Существует и альтернативная версия, выводящая прозвище от названия птицы мурук — самого мелкого из трёх видов казуаров. Это нелетающая птица с жёстким чёрным оперением, обитающая в горных лесах Новой Гвинеи, Новой Британии и острова Япен, вплоть до высоты 3600 метров. Но эта гипотеза явно слабее: в эпоху формирования русских фамилий, в XV–XVII веках, об экзотической птице с другого конца света в российской глубинке просто не могли знать. Так что птичья версия — не более чем любопытный курьёз, а вот «муругий» — слово живое, исконное, хорошо знакомое каждому крестьянину, который видел и лошадей, и коров с подобной мастью.

Так что потомок человека по прозвищу Мурука, скорее всего, носил в роду память о предке с необычной, пёстрой внешностью — рыжеватыми волосами с тёмными прядями. Фамилия эта редкая, и встретить её можно точечно, в основном в центральных и северных регионах России, где слово «муругий» бытовало в говорах.