Фамилия Мурукина — это женская форма, а её мужской вариант — Мурукин. С точки зрения словообразования здесь всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Мурукина — дочь или жена Муруки. Основа же — прозвище или нецерковное имя Мурука.

Корень «мур» в русских говорах многозначен, но чаще всего связан с кошкой: мурлыкать, мурыжить, мурчать. В диалектах мурукой могли называть ворчуна, недовольного человека, который всё время «мурчит» себе под нос, или, наоборот, ласкового, «мурлыкающего» — в зависимости от интонации, с которой произносили прозвище. Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых северных и сибирских говорах «муруга» означало «темная, бурая масть» (о животных), так что прозвище Мурука мог получить человек со смуглой кожей или темными волосами — по аналогии с мастью скотины.

Интересно, что фамилия Мурукин (и, соответственно, Мурукина) не слишком распространена и имеет явную очаговую географию. По данным современных исследований, она чаще всего встречается в Пермском крае и в некоторых районах Удмуртии. Это наводит на мысль, что прозвище могло закрепиться именно в местных говорах коми-пермяцкого или удмуртского окружения, где слово «мур» имеет свои значения, например «крепкий», «сильный». Если это так, то Мурука — не просто «ворчун», а человек с характером, крепкий духом.

В отличие от многих фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов, но Иванин — редкий вариант), Мурукин однозначно прозвищного происхождения. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, что типично для прозвищ, описывающих внешность или поведение.