Фамилия Мурынина — женская форма мужской фамилии Мурынин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Мурынин — это «сын Мурыни» или «человек из семьи Мурыни». Сама основа «Мурын-» — тёмная, и этимологам приходится строить догадки.

Первая и самая вероятная версия связывает корень с диалектным словом «муры́га» или «муры́н». В говорах русского Севера, особенно в архангельских и вологодских землях, «мурыгой» называли угрюмого, нелюдимого человека, а также того, кто делает что-то медленно, тянет («мурыжить» — значит затягивать дело, томить). Прозвище Мурыня могли дать ворчуну или копуше. Такие фамилии нередки среди крестьян и ремесленников Русского Севера, где прозвища по характеру давали особенно охотно.

Вторая версия менее распространённая, но имеет право на существование: «мурын» могло быть вариантом слова «мурин» — так в старину называли эфиопа или негра (от греческого «маврос» — чёрный). В XVI–XVII веках это слово встречается в документах как прозвище для смуглого человека. Однако для фамилии Мурынин эта гипотеза слаба: форма «Мурын» с буквой «ы» в корне — скорее местное фонетическое явление, чем прямое заимствование.

Географически фамилия Мурынина встречается преимущественно в северных и центральных областях России — в Вологодской, Кировской, Нижегородской, а также в Поволжье. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми из этих регионов. В дворянских родословных Мурынины не отмечены — фамилия осталась в народной среде.

Интересная деталь: в некоторых переписях XIX века встречается написание «Мурынкин» — с суффиксом -к-, который часто добавляли к прозвищам на -ыня для смягчения звучания. Но основная линия закрепилась именно в форме Мурынин. Таким образом, фамилия Мурынина — это типичная «северорусская» фамилия, образованная от прозвища, которое характеризовало человека со стороны его поведения или внешности.