Фамилия Мурзукова — женская форма мужской фамилии Мурзуков. Её основа, скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу Мурзук. В тюркских языках, особенно в карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском, слово «мурза» (или «мырза») означало «господин», «князь», «знатный человек». Суффикс -ук/-ык в тюркских именах часто придаёт уменьшительно-ласкательное значение: Мурзук могло быть прозвищем младшего сына или невысокого ростом, но знатного человека, либо просто ласковым обращением. Таким образом, Мурзуков — буквально «сын (или потомок) Мурзука».

В русской фамилии суффикс -ов — стандартный патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мурзуков. Это типичная модель для фамилий, образованных от тюркских имён, которые вошли в русский обиход через соседние народы или при присоединении кавказских и южных территорий.

Географически фамилия Мурзукова чаще всего встречается на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, а также среди кумыков в Дагестане. Встречается она и у осетин, и у ногайцев. В русских областях она редка и обычно связана с миграцией из кавказского региона.

Стоит отметить, что существует и версия происхождения от арабского имени Марзук (в значении «благословенный», «дарованный Богом»). В тюркской среде имя могло трансформироваться в Мурзук под влиянием местного произношения, а фамилия — закрепиться в форме Мурзуков. Но первая версия — от «мурзы» — выглядит более прямой и распространённой, поскольку корень «мурза» хорошо известен в ономастике.

Социально предки носителей фамилии могли принадлежать к узденям (сословию свободных общинников) или к княжеским родам, если исходить из значения основы. Однако в XIX–XX веках фамилия стала массовой, и её носители — люди самых разных занятий, от сельских тружеников до интеллигенции.