Фамилия Мусакулов образована от имени Мусакул, состоящего из двух частей. Первая из них берет начало от мужского имени Муса. По другой версии, это имя является мусульманским вариантом древнееврейского имени Моисей и означает «спасенный из воды». Вторая часть имени Мусакул восходит к имени Кул, которое в переводе с древнетюркского означает «раб Аллаха, товарищ». Таким образом, именование Мусакул можно трактовать как «творящий чудеса слуга Аллаха» или «Муса – спутник Аллаха». Таким образом, потомок человека, которого звали Мусакул, со временем получил фамилию Мусакулов.