Фамилия Мусалитина — женская форма от Мусалитин, а её основа, скорее всего, связана с именем Мусалит. Это имя могло быть вариантом крестильного имени Мусаил (в переводе с древнееврейского — «испрошенный у Бога»), которое в народной речи получило суффикс -ит. Подобные переделки канонических имён в русских говорах обычны: Исай превращался в Исаит, Самуил — в Самуилит. Так имя Мусалит, а затем и фамилия Мусалитин, закрепилась за потомками человека, которого в обиходе звали именно так.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «Мусалитин», то есть сын или потомок Мусалита. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Форма Мусалитина — притяжательное прилагательное в женском роде, которое в документах стало фамилией для женщин и девушек.

Регионально фамилия тяготеет к южнорусским областям, особенно к Курской и Белгородской землям, где встречаются однокоренные фамилии — Мусалитов, Мусалитский. В этих краях имя Мусалит бытовало как самостоятельное, нецерковное, что подтверждается переписными книгами XVII века. Например, в документах 1646 года по Курскому уезду упомянут крестьянин Мусалитко Иванов — прямое свидетельство, что прозвище или имя было в ходу среди посадских и сельских жителей.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые в той же местности часто образовывали от полных церковных имён, Мусалитин сохранила след народной переработки имени — более живую, разговорную форму. Это делает фамилию не просто указанием на родство, а маленьким языковым памятником: в ней слышен говор тех, кто не переиначивал имя по книжному образцу, а называл своего сына или соседа так, как было привычно на слух.