Фамилия Мушкирова — женская форма фамилии Мушкиров, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. В отличие от привычных -ов и -ин, здесь мы видим суффикс -ир-ов. Такая модель в русских фамилиях встречается редко и почти всегда указывает на иноязычное происхождение основы. Чаще всего это тюркские или персидские корни, которые через суффикс -ир (или -ер) адаптировались в русской среде. Если бы фамилия была исконно русской, она звучала бы как Мушкин или Мушков.

Основа «мушкир» восходит к слову «мушк» (или «мушку»), что в тюркских языках означает «мускус» (ароматическое вещество). В переносном смысле так могли называть душистого, надушенного человека, либо того, кто торговал мускусом или благовониями. Встречается и вариант «мушкир» как «мушкетёр» (от тюркского «мушкет»), но эта версия слабее: в русских фамилиях XVII–XVIII веков военная лексика давала прозвища вроде Пушкарь, а не Мушкир.

Географически фамилия Мушкиров привязана к Поволжью и Северному Кавказу. В татарской и башкирской среде нередки фамилии с корнем «мушк» (например, Муштаков, Мушкаев). В русских переписных книгах XVII века такая фамилия не зафиксирована — это косвенно подтверждает её позднее появление и этническую окраску. Скорее всего, предки носителей фамилии были выходцами из тюркоязычных народов, принявшими православие и получившими фамилию по прозвищу, связанному с ремеслом или характерным признаком.

Единственное, что можно сказать о сословии: раз фамилия образована по русской модели (с суффиксом -ов), её носители уже в XIX веке были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким корнем неизвестны. В современных справочниках фамилия Мушкирова встречается редко, что делает её не просто редкой, а локальной, сохранившейся в узком круге семей.