Фамилия Мусоев — один из тех случаев, когда неочевидный корень указывает на нерусское происхождение, а суффикс — на обрусение. Основа «Мусо» — это арабское имя Муса, библейский Моисей в исламской традиции. Фамилию образовали по русской модели: к восточному имени добавили патронимический суффикс -ев, означающий «сын Мусы». Такая адаптация характерна для народов Поволжья и Кавказа, где в XIX–XX веках при документальном оформлении фамилий татарские, башкирские, чеченские или ингушские имена получали русские окончания.

Мусоевы чаще всего встречаются среди татар и башкир, реже — у народов Северного Кавказа. В татарской среде имя Муса было распространённым, поэтому фамилия Мусоев — прямая калька с отчества «Муса улы» («сын Мусы»). У чеченцев и ингушей аналогичная фамилия может писаться как Мусов или Мусоев, но корень тот же.

Интересная деталь: в русском языке имя Муса склоняется, и форма «Мусоев» возникла от родительного падежа «Мусы» (чей? — Мусы), как Пушкин от Пушки. Это отличает её от фамилий, образованных напрямую от имени без изменения основы (например, Мусин). То есть предка носителя фамилии звали Муса, и его сын стал Мусоевым.

Встречается и редкая версия, что основа могла быть прозвищной — от диалектного «мусой» (нечто мутное или грязное), но она менее убедительна: арабское имя даёт ясную и массовую этимологию, а прозвищная гипотеза не подтверждается ни географией, ни частотностью. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к типичным для тюрко-татарского ономастикона, где -ев присоединяется к именам на -а.

Таким образом, Мусоев — фамилия, которая прямо говорит: ваш предок носил имя пророка Мусы, а сама она — след межкультурного контакта, когда восточное имя вписалось в русскую фамильную форму.