Фамилия Мустафеев — типичный пример отчества, образованного от арабского имени Мустафа. В переводе с арабского «Мустафа» означает «избранный», «очищенный». Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено во всем исламском мире. Русский суффикс -ев, присоединенный к основе, указывает на принадлежность: Мустафеев буквально значит «сын Мустафы» или «потомок Мустафы».

Модель образования фамилии — классическая для тюркских и кавказских народов, которые входили в состав Российской империи. Фамилии на -ев, реже на -ов, фиксировались у мусульманского населения в ходе переписей и паспортизации XIX–XX веков. В отличие от русских фамилий, где суффикс часто присоединялся к прозвищу или профессии, здесь основа — личное имя, что указывает на относительно позднее закрепление фамилии по отцу.

Географически Мустафеевы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе (особенно у кумыков и чеченцев), а также в Азербайджане и среди крымских татар. В славянских регионах России фамилия редка и, как правило, принадлежит потомкам переселенцев из Поволжья или Кавказа.

Стоит отметить, что в арабской и тюркской традиции имя Мустафа могло даваться не только в прямом религиозном смысле, но и как пожелание ребенку быть чистым душой и уважаемым в обществе. Поэтому предки современных Мустафеевых могли быть людьми разного сословия — от мулл и торговцев до крестьян и ремесленников. Сословная принадлежность по фамилии не определяется.

В написании фамилии возможны варианты: Мустафаев (с ударением на последний слог) — такой вариант встречается у азербайджанцев и народов Дагестана, где сохраняется полная форма имени. Форма Мустафеев с беглой гласной «а» в корне характерна для татарской и башкирской среды и закрепилась в русском написании как более привычная для произношения.