Фамилия Мустафенова — редкий случай, когда тюркское имя «скрестили» с русским суффиксом, но не самым привычным образом. В основе лежит мужское имя Мустафа (араб. «избранный», один из эпитетов пророка Мухаммеда). Казалось бы, логично ждать фамилию Мустафин или Мустафьев, но здесь работает суффикс -енов.

Этот суффикс не так распространён, как -ов или -ин, и чаще встречается в фамилиях, образованных от имён, оканчивающихся на -а, -я, по модели «Илья — Ильин». Однако в случае с Мустафой сыграла роль адаптация: имя на -а в русском языке могло получить притяжательную форму через -ен (Мустафен — «сын Мустафы»), а затем к ней добавили стандартный -ов. Получилась «двойная» русификация: сначала имя превратили в отчество с помощью тюркского или русского патронимического показателя, а потом закрепили фамильным суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары и башкиры. Именно в среде татарской и башкирской знати, а также простых мусульман, переходивших на русскую фамильную систему в XVIII–XIX веках, такие формы и возникали. Встречается она и у казахов, но реже: у них чаще используют вариант Мустафин или Мустафаев.

Сословно носители фамилии могли быть кем угодно: от муллы до крестьянина. Фамилии на -енов не указывают на дворянство — это скорее признак поздней фиксации, когда фамилии давали массово при переписях или после отмены крепостного права. В метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний за XIX век встречаются записи о Мустафеновых среди государственных крестьян и мещан.

Интересная деталь: в некоторых документах фамилию писали через «а» — Мустафанова, что выдает колебание в произношении. В татарском языке имя звучит мягче, с редуцированным гласным, и на письме это отражалось по-разному. Современный вариант с «е» закрепился как более литературный.