Фамилия Мустафанова строится по классической русской модели: к основе Мустафан- добавляется суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женский род. Мужской вариант — Мустафанов. Это типичная «патронимическая» фамилия: она образована от личного имени, которое носил предок.

Основа — мужское имя Мустафа. В переводе с арабского «мустафа» означает «избранный», «очищенный». Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у народов, исповедующих ислам: татар, башкир, народов Кавказа, а также у турок, арабов и персов. В русскую ономастику фамилия попала через контакты с тюркскими народами, прежде всего с татарами и башкирами, которые веками жили в составе Российского государства.

Суффикс -ов в фамилии Мустафанова — не самый распространённый для тюркских заимствований. Обычно от имён на -а в русском языке образуют фамилии на -ин (ср. Мустафин). Форма Мустафанов указывает, что имя предка воспринималось как основа на твёрдый согласный (Мустафан), либо фамилия возникла в среде, где русский патронимический суффикс -ов присоединяли к любой основе, не меняя её. Встречаются оба варианта: Мустафин и Мустафанов, и они не всегда взаимозаменяемы. Мустафанов чаще фиксируется у татар и башкир, а Мустафин — у народов Кавказа и в некоторых регионах Поволжья.

Географически фамилия Мустафанова рассредоточена по России неравномерно. Наибольшая концентрация — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается также в Азербайджане и среди тюркских диаспор. Носительница фамилии, скорее всего, происходит из семьи, где предок по мужской линии носил имя Мустафа — возможно, это был имам, уважаемый старейшина или просто человек, названный в честь пророка.

Сословная принадлежность предков Мустафановых могла быть разной: от крестьян и ремесленников до купцов и духовенства. Среди татарских и башкирских родов фамилия не указывает на аристократическое происхождение — она распространена во всех слоях. В документах XVIII–XIX веков Мустафановы встречаются среди государственных крестьян и мещан, а также в среде татарского мусульманского духовенства.

Единственная ономастическая тонкость: фамилия могла возникнуть и от прозвища Мустафан, данного человеку за сходство с известным носителем имени или за характерную внешность. Но это менее вероятно: в тюркской среде имя Мустафа всегда оставалось личным, а не прозвищным.