Фамилия Мустафаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Мустафаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Мустафаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Мустафаев образована от арабского имени Мустафа, что значит «единственный, избранный». Скорее всего, Мустафой родители назвали первого, долгожданного сына. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Мустафаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Мустафаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.