Фамилия Мустафарова — женская форма от фамилии Мустафаров, и в ней сразу слышна тюркская или кавказская основа. В русском контексте такие фамилии обычно получали люди из татарской, башкирской, азербайджанской или дагестанской среды, переходившие в православие или просто жившие в многонациональных регионах Российской империи.

Корень фамилии — мужское имя Мустафар. Это имя арабского происхождения, одна из форм от «Мустафа» (избранный, предпочтённый). В исламской традиции «аль-Мустафа» — один из эпитетов пророка Мухаммеда. Суффикс -ар в данном случае не редкость для тюркских языков: он может передавать значение деятеля или обладателя качества. То есть Мустафар — это «тот, кто подобен Мустафе» или просто вариант имени с местным произношением. Встречается и написание Мустафаров — без дополнительной буквы, но форма с -ар- фиксирует более архаичный или диалектный вариант.

Русский суффикс -ов превратил имя отца (Мустафар) в фамилию сына: «Мустафаров» — буквально «сын Мустафара». Женская форма Мустафарова, соответственно, означает «дочь или жена Мустафарова». По модели образования фамилия типична для русифицированных тюркских родов, которые в XIX — начале XX века получали фамилии по отцу через добавление -ов/-ев, а не через тюркские окончания вроде -оглы или -заде.

Географически фамилия Мустафарова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, в Астраханской области и в республиках Северного Кавказа, особенно в Дагестане. Встречается она и у крымских татар, но реже. Основная масса носителей — потомки крестьян или ремесленников, а не знати: в дворянских родословных книгах такая фамилия не фиксируется, что указывает на её позднее оформление в среде простонародья.

Интересная деталь: если сравнить с однокоренными фамилиями Мустафин, Мустафаев, то Мустафарова стоит особняком. В фамилии Мустафин основа — краткая форма имени (Мустафа + -ин), в Мустафаеве — полная (Мустафай), а в Мустафарове — редкий вариант с дополнительным слогом. Это может говорить о том, что предок носителя фамилии был известен под двойным именем или прозвищем, где «Мустафар» выделяло его среди других Мустаф в селе.