Фамилия Мустафаев напрямую связана с арабским именем Мустафа, которое переводят как «избранный» или «единственный». В исламской традиции это один из эпитетов пророка Мухаммада, поэтому имя с древности пользовалось особым почетом. Отсюда же идёт и смысл наречения: называя сына Мустафой, родители подчёркивали его исключительность для семьи, часто так звали первого или долгожданного наследника.

Фамилия сложилась по классической для тюркских языков модели: к основе добавили патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность роду. То есть Мустафаев буквально означает «сын Мустафы» или «из рода Мустафы». Такую форму фамилий активно использовали у народов, говоривших на тюркских наречиях и исповедовавших ислам, — у татар, азербайджанцев, кумыков, чеченцев и других. Образование фамилии от личного имени отца — самый распространённый путь для этого региона, и Мустафаев здесь следует общей традиции, не выделяясь редкой словообразовательной моделью.

Интересно, что имя Мустафа не имеет отношения к тюркской лексике — оно пришло из арабского языка вместе с религией. Поэтому фамилию корректнее называть арабо-тюркской по происхождению: корень арабский, а вот способ оформления в фамилию — тюркский. Встречаются и варианты написания, например Мустафоев или Мустафаев с ударением на последний слог, что зависит от местных языковых норм носителей.

В России фамилия бытует в основном в регионах с традиционно мусульманским населением — в Поволжье, на Кавказе, в Крыму. Но из-за миграций XX века носители разбросаны по всей стране. В архивных записях фамилия нередко фиксировалась с колебаниями: то как Мустафин, то как Мустафаев, хотя это разные по происхождению формы. Мустафин восходит к той же основе, но с другим суффиксом, характерным для татарской традиции, тогда как Мустафаев более универсален для тюркского мира.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её носили и крестьяне, и городские ремесленники, и духовенство. Всё зависело от конкретного рода. Сведений о каком-то едином знатном предке-родоначальнике нет, и вряд ли они появятся — слишком широко имя было распространено. Поэтому каждый Мустафаев ведёт свою линию от конкретного человека по имени Мустафа, которого в его роду помнят как основателя фамилии.

Если коротко: фамилия не таит загадок, её смысл прозрачен, а история укладывается в одну фразу — тюркская фамилия от арабского имени со значением «избранный». Именно эта простота и делает её понятной для носителя: предок носил почётное имя, и память о нём закрепилась в родовом прозвании.