Фамилия Мустафа — редкий для русской ономастики случай, когда фамилия целиком совпадает с личным именем, без привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это прямое, немодифицированное заимствование, и именно в этом её уникальность. Вопрос «чей ты?», который обычно порождал русские фамилии, здесь не сработал: предка, видимо, звали просто Мустафа, и это имя закрепилось за потомками без изменений.

Основа фамилии — арабское имя Мустафа, которое переводится как «избранный», «единственный». В исламской традиции это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя с древности было распространено по всему мусульманскому миру, от Аравии до Поволжья и Средней Азии. В русские земли оно попало вместе с татарами, а позже — через дипломатические и торговые контакты с Османской империей и Крымским ханством.

Степан Веселовский в своих исследованиях по ономастике XV–XVII веков фиксирует Семена Мустафу, холопа Шеремета Беззубцева, в конце XV века. Эта запись показательна: человек с таким именем жил в Московском государстве, был на службе у знатного боярина, но носил явно восточное имя. Значит, либо он был выходцем с Востока, принятым на русскую службу, либо потомком татарина, уже обрусевшим, но сохранившим родовое имя.

Интересно, что фамилия Мустафа не получила «обрусения» через суффикс. Сравните с однокоренными фамилиями Мустафин или Мустафов, которые встречаются чаще: там основа та же, но оформлена по русской модели притяжательности. Отсутствие суффикса в фамилии Мустафа говорит о том, что она закрепилась в среде, где имя и фамилия не различались чётко, — например, у крещёных татар или в казачьей среде, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Сегодня фамилию Мустафа носят в основном люди тюркского и кавказского происхождения, а также русские, чьи предки приняли православие, но сохранили родовое имя как фамилию. География бытования широкая: от Татарстана и Башкортостана до Дагестана и Чечни, встречается она и в центральной России, куда потомки тех самых холопов и служилых людей могли переселиться веками позже.

Если искать версии происхождения, самая правдоподобная — прямая связь с арабским именем, без промежуточных прозвищ и переосмыслений. Альтернативные гипотезы, например о связи с турецким словом «мустафа» как нарицательным, не подтверждаются источниками и выглядят натянутыми. Так что перед нами редкий случай, когда фамилия хранит имя предка в первозданном виде, не тронутое ни суффиксами, ни переделками на русский лад.