Фамилия Мустафьина — женская форма фамилии Мустафьин, которая встречается реже, чем более привычная Мустафин. Разница в одну букву — результат разного оформления одного и того же тюркского имени в русской среде. В основе лежит мужское имя Мустафа, которое в переводе с арабского означает «избранный», «предпочтённый». Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у мусульманских народов.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мустафьин, то есть потомок или человек из семьи Мустафы. Удвоение «ф» в середине слова — не ошибка, а возможный результат адаптации: в тюркских языках имя часто произносится с удвоением (Мустаффа), и при записи это могло закрепиться. Вариант Мустафьин встречается в татарской и башкирской среде, особенно в документах XIX — начала XX века, когда фамилии только фиксировались, и единого правописания ещё не сложилось.

Носительницы фамилии Мустафьина — в основном потомки тех, кто носил фамилию Мустафьин. Сословно это могли быть крестьяне, мещане или служилые татары. В метрических книгах и ревизских сказках Поволжья и Приуралья встречаются записи о Мустафьиных среди тептярей и башкир. Сейчас фамилия редкая, её географический центр — Татарстан, Башкортостан и Оренбургская область.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Мустафьин — не единственный вариант. В той же среде бытуют Мустафин, Мустафин, Мустафеев. Форма с «ь» перед суффиксом (Мустафьин) указывает на то, что основа имени заканчивалась на мягкий согласный, что характерно для некоторых диалектов татарского языка. Таким образом, фамилия Мустафьина — не просто женский вариант, а маркер определённой локальной традиции произношения и записи имени.