Фамилия Мустапин — редкий случай, когда тюркское имя-основа и русский суффикс встречаются не в стандартной модели «на -ов», а в форме на «-ин». Это сразу указывает на то, что в основе лежит слово, оканчивающееся на гласный или мягкий согласный: в русской традиции такие основы дают притяжательное прилагательное с суффиксом «-ин», а не «-ов». В фамилии Мустапин видим именно это — корень «Мустап-» и суффикс «-ин».

Корень восходит к мужскому личному имени Мустафа (араб. «избранный», один из эпитетов пророка Мухаммеда). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Мустафа часто переходило в разговорные формы с усечением конечного гласного: Мустап. Отсюда и фамилия Мустапин — буквально «сын Мустапа» или «принадлежащий Мустапу».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Это зона расселения татар и башкир, где в XVIII–XIX веках массово возникали фамилии по отцу. Мустапины — потомки человека по имени Мустафа, который, скорее всего, был крестьянином или ремесленником. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано — это «народная» фамилия, образованная по простой и прозрачной модели.

Интересно, что в русской ономастике фамилии на «-ин» от тюркских основ встречаются реже, чем на «-ов». Например, Мустафин (от Мустафа) гораздо распространённее, чем Мустапин. Форма с «п» вместо «ф» — результат живого произношения в тюркской среде, где звук «ф» часто заменяется на «п» (явление, типичное для многих тюркских языков, где исконного «ф» не было). Так что Мустапин — не ошибка, а диалектная или историческая особенность записи.

Если у вас фамилия Мустапин, вы с большой вероятностью происходите из татарской или башкирской среды, а предка звали Мустафа. Фамилия не древняя (массово закреплялась в XIX веке), но в ней сохранился живой отпечаток тюркской фонетики и русской грамматики.