Фамилия Мустапаев — типичный пример тюркской по происхождению фамилии, которая оформилась по русской словообразовательной модели. Её основа — личное имя Мустапа, которое представляет собой один из вариантов арабского имени Мустафа (в переводе «избранный», «избранник»). Это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у мусульманских народов.

Ключевая деталь, которая выделяет фамилию среди однокоренных — суффикс -ев. Он указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где патронимический суффикс -ов/-ев уже стал нормой, то есть у народов, испытавших сильное русское административное или культурное влияние. Если бы фамилия образовалась напрямую в тюркской среде, она, скорее всего, получила бы суффикс -лы/-ли или -оглу (Мустафалы, Мустафаоглу). Появление Мустапаева говорит о том, что предок носителя фамилии жил в Российской империи, где фиксация фамилий шла по русскому образцу: «чей?» — Мустапаев, то есть сын Мустапы.

Само имя Мустапа (с конечным -а, а не -афа) — это результат адаптации арабского имени в тюркских языках, например, в татарском, башкирском, казахском или ногайском. В этих языках конечный звук часто смягчается или редуцируется. Поэтому географически фамилия Мустапаев наиболее характерна для татар, башкир, а также для народов Северного Кавказа (кумыков, ногайцев), где имя в такой форме закрепилось исторически.

С точки зрения социального контекста, Мустапаевы — это потомки людей, носивших почётное имя. В мусульманской среде имя Мустафа давали с надеждой на благочестие и уважение. Никакой сословной окраски у фамилии нет: её могли получить и крестьяне, и купцы, и духовные лица. Разве что стоит отметить, что в татарской среде фамилии на -ев чаще встречались у служилых татар и торговых людей, чем у крестьян, но это не жёсткое правило.

Таким образом, Мустапаев — это фамилия-патроним, образованная от имени, которое в переводе означает «избранный». Её носители — потомки человека по имени Мустапа, жившего на территории Российской империи, скорее всего, среди тюркских народов Поволжья или Кавказа.