Фамилия Мустапаева — женская форма, производная от мужской фамилии Мустапаев. Её основа — личное имя Мустапа, которое представляет собой один из вариантов передачи арабского имени Мустафа (от арабского «избранный», «очищенный»). В исламской традиции это один из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя широко распространено у народов, исповедующих ислам, особенно у тюркских и кавказских.

Разбор словообразовательной модели здесь прозрачен: к основе-имени Мустапа добавляется русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Мустапы»). Окончание -а в женском варианте — стандартный способ образования фамилий для женщин в русском языке. Важно отметить, что написание через «а» в корне (Мустапа вместо Мустафа) — характерная черта тюркской передачи имени, где звук «ф» часто заменяется на «п» из-за особенностей фонетики (например, в татарском, башкирском, казахском языках). Это сразу указывает на регион происхождения фамилии — скорее всего, Поволжье, Урал или Северный Кавказ (у ногайцев, кумыков), реже — Средняя Азия.

Сословный состав носителей фамилии неоднороден. В Российской империи такие фамилии на -ев могли получить как представители духовенства (муллы, ахуны), так и крестьяне, купцы или служилые люди из татарских и башкирских родов. Поскольку фамилия образована от имени, а не от прозвища или профессии, она не несёт информации о роде занятий предка — только указывает на то, что его отца звали Мустапой. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается в основном в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях, а также среди терских и кубанских ногайцев.

С точки зрения ономастики, фамилия Мустапаева интересна тем, что сохранила архаичную фонетическую форму имени, не адаптированную под литературный арабский стандарт. Это делает её ценным маркером для историков языка: по ней можно реконструировать, как звучало имя в конкретной диалектной среде. В современном мире фамилия достаточно редкая за пределами регионов традиционного проживания тюркских народов, что облегчает генеалогический поиск — круг возможных предков сужается до определённых этнических групп.