Фамилия Мустапакулова — редкий случай, когда в одном слове сплелись две разные языковые традиции: арабско-тюркская основа и русский суффикс принадлежности. Если отбросить окончание -а, характерное для женского варианта, то перед нами мужская форма Мустапакулов. Её ядро — сложное имя Мустапакул, которое составлено из двух частей: «Мустапа» и «кул».

Первая часть восходит к арабскому имени Мустафа (одно из имён пророка Мухаммеда, означающее «избранный», «очищенный»). В тюркских языках имя нередко видоизменялось, теряя конечный звук и переходя в форму Мустапа — это типичная фонетическая адаптация. Вторая часть — «кул» (в тюркских языках «раб», «слуга»). В составе составных имён «кул» означало «раб Божий», то есть подчёркивало смирение и религиозность. Таким образом, Мустапакул — это «раб Избранного» или «слуга Мустафы», где под «Избранным» понимается пророк.

Образована фамилия по классической русской модели: к тюркскому имени Мустапакул добавили русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае указывает на происхождение от человека с таким именем. Буквально: «сын Мустапакула». Суффикс -ов здесь — самый распространённый способ русификации нерусских имён в Поволжье, на Урале и в Средней Азии.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где традиционно сильна смесь тюркских и славянских языков: Башкортостан, Татарстан, Оренбургская область, а также Казахстан и Узбекистан. Носители фамилии — потомки людей, которые, скорее всего, были мусульманами (ислам дал имя Мустафа) и говорили на одном из тюркских наречий. Интересная деталь: в отличие от чисто татарских фамилий на -ов, здесь сохранилась полная форма имени без усечения — это указывает на то, что фамилия могла оформиться позже, чем, скажем, у русских дворянских родов, или в среде, где письменная фиксация имени была более точной.

Встречается и вариант написания с одной «п» — Мустапакулов, но двойная «п» в исходном имени (Мустапа) не редкость: так передаётся долгий согласный, который в арабском письме обозначается шаддой. В русской записи это не влияет на значение, но может говорить о том, что фамилию записывали со слуха, а не по шаблону.