Фамилия Мустапакулов — редкий пример, где тюркское имя с арабской основой соединилось с русским патронимическим суффиксом. Если разобрать её по частям, сразу видно географию и историю: основа «Мустапакул» — это сложносоставное тюркское имя, а окончание «-ов» указывает, что фамилию фиксировали уже в русскоязычной среде, скорее всего, при переписях в Средней Азии или Поволжье.

Имя Мустапакул — это сращение двух компонентов. Первый, «Мустапа», — это тюркская форма арабского имени «Мустафа» (избранный, чистый), один из эпитетов пророка Мухаммеда. Второй, «кул», — тюркское слово «раб» или «слуга», но в составе имён оно означает не унизительное положение, а религиозное смирение: «раб Божий». Таким образом, Мустапакул — «раб Избранного», то есть раб пророка или раб Аллаха, названного эпитетом «Мустафа». Такие имена с «кул» (Кулмухаммед, Кулбай, Кулназар) массово бытовали у узбеков, казахов, татар и башкир.

Суффикс «-ов» в фамилии выдает русское делопроизводство XIX–XX веков. Когда тюркские народы вошли в состав Российской империи, их отчества и родовые прозвания часто русифицировали: имя отца (Мустапакул) становилось фамилией сына путём прибавления «-ов» или «-ев». В отличие от исконно русских фамилий, где суффикс означает принадлежность («чей?»), здесь он просто оформляет исходное имя по привычному для чиновников шаблону. Поэтому носитель фамилии Мустапакулов — потомок человека, которого звали Мустапакул.

Интересно, что фамилия сохраняет полную форму имени без усечения. В тюркской среде часто встречаются фамилии на «-ов» от урезанных имён (например, Мустафин от Мустафа), но Мустапакулов — более редкий случай, когда двусоставное имя перешло целиком. Это может указывать на относительно позднюю фиксацию фамилии, когда имя уже перестало быть живым и воспринималось как фамильная основа.

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и югу Казахстана, реже встречается у казанских татар. В России она единична и, скорее всего, принадлежит потомкам мигрантов из Средней Азии. Других версий происхождения, кроме как от личного имени, нет — по звучанию она не похожа ни на прозвище, ни на топоним.