Фамилия Мустофинов — одна из тех, что сразу выдают нерусское, скорее всего, тюркское происхождение, но при этом полностью «обрусевшая» по форме. В основе лежит имя или прозвище Мустафа (арабское «избранный», одно из имён пророка Мухаммеда). Русский суффикс -ин превратил его сначала в Мустофин (по модели «чей?» — сын Мустафы), а затем добавился ещё один патронимический суффикс -ов, что дало двойное указание на родство: Мустофинов буквально означает «внук Мустафы» или «потомок Мустофина». Такая двухступенчатая модель (основа + -ин + -ов) встречается реже, чем обычные -ов или -ин, и характерна для фамилий, которые оформлялись в русской среде не сразу, а через промежуточное отчество.

Гласная «о» в первом слоге (Мустофинов вместо ожидаемого Мустафинов) — результат аканья или адаптации через устную речь. В документах XIX века такая фамилия могла писаться и как Мустафинов, и как Мустофинов, пока не закрепился один вариант. Встречается она преимущественно у татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, которые после крещения получали фамилии по имени отца, оформленные русскими суффиксами. Скорее всего, предки носителя фамилии были мусульманами, принявшими православие, либо жили в смешанной среде, где русские писцы фиксировали имена на слух.

Спорных версий здесь немного. Иногда Мустофинов путают с Мустафиным, но это разные фамилии: вторая — более прямая, без двойного суффикса. Встречается и вариант Мустофин — он короче и мог быть исходным. Если ваш предок носил фамилию Мустофинов, то, скорее всего, он происходил из крестьян или мещан, а не из дворянства — сложные патронимические конструкции чаще встречались в простонародной среде, где фамилии складывались стихийно.