Фамилия Мустопаева образована от имени Мустопа. Оно представляет собой фонетический вариант имени Мустапа, которое является чечено-ингушским вариантом имени Мустафа. Имя Мустафа в переводе с арабского означает «избранный, самый чистый, превосходящий других». Слово «мустафа» является эпитетом пророка ислама Мухаммета. Он был проповедником единобожия и центральной фигурой этой религии. Таким образом, потомок человека, которого звали Мустопа, со временем получил фамилию Мустопаев. Однако процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому точно определить время и место происхождения рода Мустопаевых можно лишь на основании серьезных генеалогических исследований.