Фамилия Мужинин — редкий пример, где основа не сразу прочитывается в современном значении. На первый взгляд корень «муж» намекает на «мужчину», но в русских фамилиях этот корень чаще давал Мужиков, Муженковых, а здесь иная модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мужинин, то есть сын или потомок Мужины. Значит, исходным было прозвище или неканоническое имя Мужина.

Что могло значить это прозвище? В древнерусском языке слово «мужина» — не уменьшительное от «муж», а форма со значением «человек», «крестьянин», «простолюдин» (сравните в летописях: «мужина некий»). В некоторых говорах «мужина» означало «мужлан», «неотёсанный человек», а в ряде регионов — «работник», «батрак». Таким образом, прозвище Мужина мог получить крестьянин, не отличавшийся знатностью, или, наоборот, человек, подчёркнуто называвший себя «мужиком» в противовес боярам.

Географически фамилия Мужинин встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России. В переписных книгах XVII века подобные прозвища фиксировались у черносошных крестьян и посадских людей — то есть у свободного, но неслужилого населения. В дворянские роды эта фамилия не попала, что подтверждает её «простое» происхождение.

Словообразовательно фамилия Мужинин стоит в одном ряду с Мужиков, Мужичков, Мужицкий — все от одной основы, но с разными суффиксами. -Ин здесь указывает на прямое родство: Мужинин — буквально «сын Мужины», тогда как Мужиков — «сын Мужика». Разница в том, что Мужина — это именно прозвище-характеристика, а не профессия или сословная принадлежность.

Версия о происхождении от имени Мужина как уменьшительной формы от Мужеслав или Мужимир (гипотетических славянских имён) маловероятна: такие имена не зафиксированы в древнерусских источниках. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии был обычным крестьянином, которого в общине прозвали Мужиной — может, за грубоватый нрав, а может, за то, что он был «мужик как мужик», без особых примет.