Фамилия Мужинина — женская форма от Мужинин, и её происхождение связано не с собирательным «мужик», как может показаться на первый взгляд, а с личным именем или прозвищем. Основа фамилии — древнерусское некалендарное имя Мужина, которое давали ребёнку с пожеланием силы, взрослости или просто по народной традиции именовать детей «взрослыми» именами для защиты от злых сил. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мужинин значит «сын Мужины» или «из дома Мужины».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: сначала появлялось отчество (Мужинин сын), которое затем закреплялось как фамилия. Встречается и версия, что прозвище Мужина мог получить крепкий, работящий человек, но для фамилии первичнее именно личное имя, а не бытовое прозвище «мужик». В говорах слово «мужина» иногда означало «мужчина» или «крестьянин», но как основа фамилии это менее вероятно: имена на -ина в старину образовывали от уменьшительных форм (ср. Гаврила — Гавринин, Фома — Фомин).

Географически фамилия Мужинин (и Мужинина) тяготеет к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Костромской областям, где сохранились архаичные формы имён. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник жил в одной волости или деревне, и фамилия не разошлась широко.

С точки зрения социального статуса носители фамилии в большинстве были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией в истории не зафиксировано. Это типичная «низовая» фамилия, образованная от мирского имени, что делает её ценной для генеалогии: она прямо указывает на имя предка, жившего до эпохи обязательных фамилий.